雨花石原岩成因各异，不过主要与火山运动有关。古时候火山活动频繁，大量岩浆从火山中喷涌而出。岩浆是地下熔融或部分熔融的岩石，含有大量二氧化硅，当岩浆在外界温度下降冷凝后，二氧化硅热液填充在火山岩的空隙中，在空隙内部继续冷凝结晶，成为玛瑙，然后经过地壳运动的挤压等自然力的作用，原生玛瑙从缝隙中脱落而出，经过山石的研磨、水流的冲刷，外表逐渐被滚磨，形成卵石，在古河流中，被流水搬运到江河交汇处沉积为砾石层，深埋地下。后来地壳依旧不断运动，这些含有卵石玛瑙的地区上升形成了一片满布砾石的小山丘，在地质学上被称为“雨花台砾石层”。

  雨花石按照矿物岩石学分类，可以分为玉髓玛瑙类、蛋白石类、碧玉类、燧石类、石英岩类、脉石英水晶类、构造岩类、砾岩类、化石类、模树石以及其他含宝石玉石矿物的砾岩。由于构成元素的不同，不同种类的雨花石具有不同的颜色和花纹，也具有不同的产量。珍贵的雨花石可以用于收藏，一般的可以加工后用于装饰。不仅具有观赏价值，也具有科学研究价值，可以用于研究古代地形构造变化。